Подскажите, пожалуйста, как правильно написать слова с шипящими (и не только), которых, в латинском языке не было.

Со звуком "ш" все относительно ясно - он обозначается "немецким" сочетание "sch". Но вопросы возникают, скажем, если вдруг потребуется написать какой-нибудь "бальзам Щекочихина" или чего то ещё в этом же роде. Такие же сложности возникают со звуком "ж" (скажем, в названии родного города - Воронеж).

OMNIBUS LEGENTIBUS INSCIUS S.M.D.
Увы - даже с буквой Ш не совсем ясно.
К сожалению, несмотря на то, что транслитерация (перевод одной графической системы алфавита в другую) имеет большое практическое значение (написание географических названий, собственных имён и т. п.), общепринятая единая система передачи букв русского алфавита латинскими отсутствует (хотя на государственном уровне и принять соответствующий стандарт). В практичсой деятельности используется несколько систем, в основе которых (как можно предположить) лежит или чаще всего английская или немецкая система транслитерации русских букв.
Не углубляясь  в историю вопроса (хотя это очень интересно и поучительно, но надо намного больше времени, чтобы всё проанализировать и систематизировать), отмечу, что лучшим вариантом считаю вариант передачи русских слов буквами латинского алфавита, предложенный в 60-тые годы М.Э. Кирпичниковым. Русские шипящие там передаются следующим образом:  Ш = sh; Ж = zh;  Ч = cz; Щ = shcz, русская  Ц  передана как  ts.
В некоторых системах для передачи букв Я, Ё, Ю, Ї используют  букву y, т.е., букву  Я передают как ya, букву  Ё как yo, букву  Ю как yu, букву, Ї  как yi. Это явно влияние английской системы транслитерации, также как передача русской буквы Ш как sch - это результат влияния немецкой системы транслитерации.

SCRIPSIQVODPOTVISCRIBANTMELIORAPOTENTES

У нас, в фармации, похоже, используется именно она. Тем более что Германия долгие годы считается "аптекой мира". Нужно ли тогда её полностью переносить из немецкого языка или же можно использовать смешанную? Скажем, "ч" - не немецкое громоздкое "tsch", а более удобное "cz"?
Раз пошла такая пляска... подскажите, пожалуйста, ещё такой момент. Если фамилия оканчивается на -ий или -ой, как это правильно написать по-латыни?

Думаю, что окончания -ий, -ой надо просто транслитерировать -ii, -oi
Поскольку варианты -y, -oy - будут явными английцизмами и, по-моему, в латинском тексте будут выглядеть дико.

По какому склонению тогда будут склоняться эти фамилии? Скажем, моя фамилия Туровский. Транслитерирую как Turovskii (надеюсь, что употребление "k", а не "c", здесь оправдано, т.к. слово явно не латинское, да и в средневековом произношении были бы определённые проблемы). Как она будет склоняться?

могу предложить второе склонение masc., но тогда nom. et gen. sg будут одинаковыми

Если Вас интересует вопрос транслитерации ( передачи) букв русского алфавита буквами латинского алфавита, то я бы в первую очередь посоветовал посмотреть работу выдающегося русского А. А Реформатского  О стандартизации транслитерации латинскими буквами русских текстов (http://www.courier.com.ru/homo/latinitsa/reformatskiy.pdf). Можно также посмотреть более поздние наблюдения по этому вопросу  в сети как  Системы  транслитерации букв кирилловского алфавита буквами латинского алфавита (http://www.spelling.spb.ru/spell057.htm) или Транслитерация фамилий с кириллицы на латиницу  http://www.vgd.ru/ENGLISH/translit.htm. Это общие вопросы.
Что касается передачи фамилий с современных языков, то здесь нет единства. Кажется, что в этом наиболее заинтересованы должны быть медики и биологи. Но, если я не ошибаюсь, есть четыре международных центра, который дают рекомендации, как правильно латинизировать современные фамилии:  у медиков  - свой, у фармацевтов –свой, у зоологов – свой, у ботаников –свой. И иногда их рекомендации противоречат одна другой. Иногда сохраняется написание по традиции. Тот вариант, что я излагал, восходит к варианту передачи русских слов буквами латинского алфавита, предложенному в 60-тые годы М.Э. Кирпичниковым. Может быть теперь есть и более удачные, но я этого не знаю.
Русскую фамилию Туровский я бы транслитериловал с одним i в конце слова, т.е. как Turovski и не думал бы о том, по образцу какогоскклонения её изменять, а оставил бы несклоняемой. Кстати, видели ли вы в Википедии статью о Чайковском. Там приведено пять возможных способов передачи этой русской фамилии на латинский язык. Итак, я бы предпочёл,  например,  употреблять фамилию композитора вместе с его именем - и тогда ясно, в каком падеже стоит словосочетание:  Petrus Tchaikovski, Petri Tchaikovski, Petro Tchaikovski, Petrum Tchaikovski

  В одном из учебных пособий для биологических факультетов нашёл материал, который Вас интересует. Кое-что здесь рассматривается иначе, чем я предлагал. Но прочтитеи решайте сами . К сожалению, однозначного ответа на Ваш вопрос нет. 1. Фамилии и географические названия, заимствованные из языков с латинским алфавитом (например, из английского, немецкого, французского, польского и др.), сохраняют свое исконное написание. Например: Gilmour - Гилмур, Johnson - Джонсон, Pourtet - Пуртэ и т.п. Однако в биологической номенклатуре не рекомендуется использовать надстрочные знаки; так, немецкая буква ь заменяется сочетанием ие, а испанская n - сочетанием gn.
2. Фамилии и географические названия, заимствованные из языков с нелатинскими алфавитами, транслитерируются по особым правилам, которые сложились в биологической латыни под влиянием латинской и немецкой орфографии. Они несколько отличаются от международных правил, принятых в современной практике письменного общения (в основном, на английском языке) ученых-небиологов, дипломатов, бизнесменов и пр. Ниже приводится таблица правил транслитерации некоторых русских букв.

Русские буквы	Латинские буквы	Примеры
Вв	Ww,	Winogradov
	Vv	Vinogradov
Гг	Gg	Gmelin, Galushko
	gh перед е, i	Gherassimov, Kirghisia
Ее	Ее
	Je в начале слова	Jepifanov
	je после мягкого знака	Vassiljev
Жж	Zh	Izhevsk
Зз	Z	Zalesskoe
Ий	i в середине	Joschkar-Ola
	jв начале слов	Baikal
	у в окончаниях фамилий	Sosnowsky
Кк	К	Kama, Kirov
Сс	Ss; двойное ss между гласными	Borissov, Ossetia
Хх	Ch,ch	Chochlova
Цц	Tz	Donetzk
Чч	Cz	Czerepanov
	Tsch	Botschantzev
Шш	Sch	Galushko
	Sh	Peschkova
Щщ	Shcz	Roshczin
ы	Y	Krylov
ь	J	Ljvov
Юю	Ju.ju	Jurtzev
Яя	ia	Wiatka,
	Ja, ja	Wjatka Jakutia

3. Все мужские фамилии, кроме тех, что оканчиваются на -а, считаются существительными 2-го склонения. В родительном падеже единственного числа они принимают следующие окончания:
a) -i в зоологической и анатомической номенклатуре:

Canis sewertzovi	собака Северцова
Angiope bruennichi	паук Брюнниха
Ligamentum Hesselbachi	связка Гессельбаха

б) -ii в ботанической и микробиологической номенклатуре (за исключением фамилий на -еr или любой гласный, кроме -а):

Silene fetissovii	смолевка Фетисова
Betula schmidtii	береза Шмидта
Seseli alexeenkoi	жабрица Алексеенко
Heracleum sosnowskyi	борщевик Сосновского
Tulipa eichleri	тюльпан Эйхлера

4. Все женские фамилии, независимо от окончания, а также мужские на -а, считаются существительными 1-го склонения и в gen.sing. принимают окончание -ае:

Sedum borissovae	очиток Борисовой
Cytophaga johnsonae	цитофага Джонсон

5. Фамилия ученого в видовом эпитете может быть представлена и латинизированным прилагательным 1-2 склонений со следующими окончаниями:

• -ianus (после согласного, кроме -еr):

Viola wittrockiana

фиалка Витрока;

• -anus (после -ег или любого гласного, кроме -а):

Astragalus fedtschenkoanus

астрагал Федченко;

• -eanus (от женских фамилий на -а):

Adenophora golubinzevaeana

Бубенчик Голубинцевой

6. Видовые эпитеты, имеющие в основе географическое название, следует оформлять как прилагательные 3-го склонения с окончаниями -ensis, ense или 1-го и 2-го склонений с окончаниями -ianus, -icus. Например: uralensis, e; astrachanicus, а, um; omskianus, а, um.
7. Большинство географических названий, употребляемых в ботанических протологах (при описании географического распространения растений), представляют собой транслитерированные слова русского или какого-либо другого нового языка (Baikal, Wiatka, Karelia и др.), иногда они принимают латинское окончание -ia (Daghestania, Jaroslavia и др.). Однако для ряда стран, городов, рек по традиции сохраняются названия, которые встречались еще у античных и средневековых авторов. Ниже мы приводим список некоторых названий этого типа вместе с производными от них прилагательными.

Bohemia, ae, f	Чехия	bohemicus, а, um
Borysthenis, is, m	Днепр	borysthenicus, а, um
Britania, ае, f	Англия	britanicus, а, um
Caucasus, i, m	Кавказ	caucasus, a, um
Gallia, ае, f	Франция	gallicus, a, um
Graecia, ае, f	Греция	graecus, a, um
Helvetia, ае, f	Швейцария	helveticus, a, um
Hispania, ае, f	Испания	hispanicus, a, um
		hispaniensis, e
Hungaria, ае, f	Венгрия	hungaricus, a, um
Iberia, ае, f	Грузия	ibericus, a, um
(Georgia, ае, f)		(georgianus, a, um)
Kiovia, ае, f	Киев	kioviensis, e
Lithuania, ае, f	Литва	lithuanus, a, um
Lusitania, ае, f	Португалия	lusitanus, a, um
Moscovia, ае, f	Москва	Mosquensis, e
Petropolis, is, f	Петербург	Petropolitanus, a, um
(Sancta Petropolis)
Polonia, ае, f	Польша	Poloniensis, e
Pontus, i, m	Черное море	Ponticus, а, um
Romania, ae, f	Румыния	Romanus, а, um
Russia, ae, f	Россия	Rossicus, а, um
		Ruthenicus, a, um
Sina,ae, f	Китай	Sinensis, e
Tanais, is, m	Дон	Tanaicus, a, um
Tauria, ae, f	Крым	Tauricus, a, um

* Транслитерация (от латин. trans через и littera  буква) передача текста, написанного с помощью одного алфавита, средствами другого алфавита. Часто используется при передаче имен собственных чужого языка

Да, спасибо, это, похоже, наилучший вариант. А то несколько неловко смотрелось бы в Dat. или в Acc. - Turovskio.
Подскажите насчёт имён. Как правильно их латинизировать? Скажем, с Петром или Юлием проблем нет - Petrus и Julius - оба они из латыни. Как поступать с теми, которые пришли из греческого или других языков - Александр, Олег, Илья? И, кстати, есть ли в латинском языке похожие на наши уменьшительные варианты имён (Александр - Саша, Сергей - Серёжа) - без них в простом бытовом разговоре неуютно
И ещё - допустимо ли в латинском языке употребление отчеств - ведь у римлян их в принципе не существовало?

1. Предлагаю небольшой список имён. которые могут вызвать затруднения при транслитерации:
Аким Ioachimus
Алексей Alexius
Альфред Alfredus
Анатолий Anatolius
Андрей Andreas
Антон Antonius
Артём Artemas
Артур Arthurus
Афанасий Athanasius
Василий Basilius
Вениамин Beniaminus
Викентий Vincentius
Гаврила Gabriel
Геннадий Gennadius
Георгий Georgius
Григорий Gregorius
Данила Daniel
Демьян Damianus
Денис Dionysius
Дмитрий Demetrius
Евгений Eugenius
Емельян Aemilianus
Ефрем Ephraim
Захар Zacharias
Зиновий Zenobius
Иван Iohannes
Игнат Ignatius
Илья Elija
Иннокентий Innocentius
Ипполит Hippolytus
Кирилл Cyrillus
Кузьма Cosma
Лев Leo
Лука Lucas
Макар Macarius
Мартын Martinus
Матвей Matthaeus
Михаил Michael
Моисей Moses
Назар Nazareus
Никита Niketas
Николай Nicolaus
Олег Helge
Онисим Onesimus
Павел Paulus
Семён Symeon
Сергей Sergius
Степан Stephanus
Станислав Stanislaus
Тихон Tychon
Трофим Trophimus
Фёдор Theodorus
Филипп Philippus
Фома Thomas
Яков Iacobus
Полный список будет приведен в моём русско-латинском словаре.
2. В латинском понятно не были распространены уменьшительно-ласкательные формы имен, но судя по письмам, возможно было применение уменьшительно-ласкательных суффиксов (-ellus\-ella, -illus\-illa, -olus\-ola, ulus\-ula) иногда и к именам. Например, Цицерон в письмах обращается к своей дочери Туллии (Tullia) ласково - Туллиола (Tulliola). Так что Серёжа может быть Sergiolus;  Саша - Alexandrulus;  Витя - Victorillus, хотя эти формы имен не зафиксированы. кстати ласково к парню можно было обратиться и так - mi Paule = Павлик
3.  Отчеств понятно в латинских именах нет, но они были у греков и передавались специальными суффиксами типа -ид (-id): так Ахилл был сыном Пелея и потому у Гомера называется также Пелид (Pelides), то есть сын Пелея. Как видим римляне просто транслитерировали эти греческие отчества. Что касается русских отчеств ту принято следующее написание (как в латинской интернет-энциклопедии Википедия): Александр Сергеевич Пушкин Alexander Sergii filius Puskin

Спасибо!
Тогда Владимир будет Vladimirus?
А как правильно написать такие имена, как Вячеслав или Святослав: Sviatoslavus или Sviatoslaus (учитывая, что в классической латыни "v" обозначала и "v", и "u")?

Очень  нужная и хорошая работа. В некоторых зарубежных словарях  есть такие списки имён собственных. Например, Nomi propri di persona в словаре Mir Josef - Calvano Corrado Nuovo vocabolario della lingua latina. Italiano-latino, latino-italiano, Mondatori - ELI, 1986. Правда, там список общий (т.е. включает как мужские, так и женские имена). Но есть словари имён собственных, где вначале даются только мужские имена, затем - женские. Каждый из вариантов имеет свои преимущества, свои недостатки. Поэтому, когда будете включать список имён собственных в словарь, хорошо обдумайте, какому варианту вы дадите предпочтение.
Желательно указать окончание родительного падежа, чтобы сразу же было по какому склонению изменять слово. Если список общий, то указать и род существительного. 
Некоторые русские имена могут иметь несколько вариантов в латинском языке. В таком случае я бы указывал все варианты, вначале – более употребительный, затем прочие варианты, например, Авраам - Abrahamus, ī m , также Abraham  indecl. m
Замечания к некоторым именам.

• В моих записях, как источник имени Артём указывается латинский вариант Artemius, iī m, в основании которого лежит греческое ἀρτεμής. Имя это встречается в Истории лонгобардов Паула Диакона. Hic (Filippicus) cum annum unum et sex mensibus regnum gessisset, contra eum Anastasius, qui et Artemius dictus est, insurgens, eum regno expulit oculisque privavit, nec tamen occidit. (VI, 34) После того, как он (Филиппик) удерживал верховную власть в течении года и 6 месяцев, против него восстал Анастасий, называвшийся также Артемием, лишил его власти и лишил его глаз, но тем не менее, не убил его
• Русское имя Кузьма имеет два варианта в латинском языке. Это или латинское Cosmus, ī m  или же Cosmas, ae  m. На существование двух вариантов указывает и итальянские имена  Cosimo  Cosmo (< Cosmus)  и Cosima, Cosma (<Cosmas)
• Олег- Ольга. Как передать точно имя Олег на латинский язык, я не знаю. В словарях имён, где указывается происхождение имени, дана обычно скандинавская форма, но нигде не видел латинского соответствия. В текстах, что я читал, была несклоняемая форма Oleg. Женская форма имени Olga, ae f дана как в словаре Słownik imion Ossolineum Wrocław 1975, так же эту форму как основную для русского ареала указывет Carolus Egger в своём Lexicon nominum virorum et mulierum,  параллельно указывая и форму Helga, ae f.

Предлагаю список, немного дополненный и сделанный в виде таблицы:

Русское имя	-	Латинское	соответствие
Авраам	-	Abrahamus, ī m	Abraham indecl. m
Аделаида	-	Adelaidis, is f
Аким	-	Ioachimus, ī m
Александр	-	Alexander, drī m
Александра	-	Alexandra, ae f
Алексей	-	Alexius, iī m
Альфред	-	Alfredus, ī m
Анастасий	-	Anastasius, iī m
Анастасия	-	Anastasia, ae f
Анатолий	-	Anatolius, iī m
Андрей	-	Andreas, ae m
Анисим	-	Onēsĭmus, ī m
Антон	-	Antonius, iī m
Антония	-	Antonia, ae f
Артём	-	Artemius, iī m	¿¿ Artemas ?
Артур	-	Arthurus, ī m
Афанасий	-	Athanasius, iī m
Богдан	-	Bogdanus, ī m
Борис	-	Boris, is m
Бронислав	-	Bronislaus, ī m
Бронислава	-	Bronislava,  ae f
Василий	-	Basilīus, iī m
Вениамин	-	Beniaminus, iī m
Вероника	-	Veronica, ae f
Викентий	-	Vincentius, iī m
Владимир	-	Vladimirus, ī m
Вячеслав	-	Venceslaus, ī m
Гаврила	-	Gabriel, elis m	Gabriel indecl. m
Геннадий	-	Gennadius, ī m
Георгий	-	Georgius, iī m
Григорий	-	Gregorius, iī m
Данила	-	Daniel, elis m
Демьян	-	Damianus, ī m
Денис	-	Dionysius, iī m
Дмитрий	-	Demetrius, īī m
Евгений	-	Eugenius, ī m
Екатерина	-	Catharina, ae f
Елизавета	-	Elisabetha, ae f	Elisabeth indecl. f
Емельян	-	Aemilianus, ī m
Ефрем	-	Ephraimus, ī m	Ephraem indecl. m
Захар	-	Zacharīas, ae m
Зиновий	-	Zenobius, iī m
Иван	-	Iohannes, is m	Ioannes, is m
Игнат	-	Ignatius, ī m
Илья	-	Elias, ae m
Иннокентий	-	Innocentius
Ипполит	-	Hippolytus, ī m
Карл	-	Carolus, ī m
Карла	-	Carola, ae f
Кирилл	-	Cyrillus, ī m
Кузьма	-	Cosmus, ī m	Cosmas, ae  mж ¿¿ Cosma ?
Лев	-	Leō, ōnis m
Лука	-	Lucas, ae m
Макар	-	Macarius, ī m
Мартын	-	Martinus, ī m
Матвей	-	Matthaeus, ī m
Михаил	-	Michaël, elis m
Моисей	-	Moyses, is m	Mōseus, ī m
Надежда	-	Nadia, ae f
Назар	-	Nazarius, iī m	¿¿ Nazareus ?
Никита	-	Niketas
Николай	-	Nicolaus, ī m
Олег	-	¿¿ Oleg indecl. m
Ольга	-	Olga, ae f	Helga, ae f
Павел	-	Paulus, ī m
Пётр	-	Petrus, ī m
Святослав	-	Sventoslaus, ī m
Семён	-	Symeon, ōnis m	Simeon indecl. m
Сергей	-	Sergius, iī m
Сигизмунд	-	Sigismundus, ī m
Сильвия	-	Silvia, ae f
Станислав	-	Stanislaus, ī m
Степан	-	Stephanus, ī m
Тимофей	-	Timothĕus, ī m
Тихон	-	Tychō(n), ōnis m
Трофим	-	Trophĭmus, ī m
Фёдор	-	Theodorus, ī m
Филипп	-	Philippus, ī m
Фома	-	Thōmas, ae m
Эмилия	-	Aemilia, ae f
Юрий	-	Georgius, iī m
Яков	-	Iacobus, ī m	Iacob, indecl. m

Кажется, я ответил и на Ваши вопросы. Имя Владимира на латинском языке Вы написали правильно, что касается имён Вячеслава и Святослава, то они есть в списке.  Буква я в этих словах восходит к старословянскому ѧ, который на латинский язык передается как en.